實驗室級別的製備液相色譜主要用於以下領域：
1.天然藥物化學、中藥化學。這是國內目前最廣泛的使用方法，為了弄清楚植物中的微量有效成分，開放手工色譜柱早已不夠用了，幾乎每個搞天然藥化的實驗室都至少有一台液相，土豪實驗室人手一台液相。
2.蛋白純化。相對於前者，蛋白純化的起步要稍微晚一點，但是發展很迅速。同時，由於外國儀器廠家在這個領域的優勢不算太大，目前國內也在這個領域加快發展，搶占地盤。
3.藥物雜質純化。由於合成工藝並不能做到100%的產率，往往伴有副產品，如何獲得微量的雜質並確定結構和含量，這就得靠液相色譜。
4.手性化合物的製備。這個主要是有機合成和方法學的在用。